Да,
ФНС разрешает совмещать эти форматы. Например, можно быть разработчиком в компании и выполнять самостоятельные заказы для других клиентов.
Правда, есть одно «но». НПД (налог на профессиональный доход) нельзя применять к доходам от работ или услуг для своего нынешнего работодателя, а также бывшего работодателя, если после увольнения прошло менее двух лет. Если вы работали в какой-то компании год назад, а потом решили поработать с ней как самозанятый или ИП — то не получится, это незаконно.